Com explica Hurtley, amb l’entrada de les tropes franquistes a Barcelona el 1939, Janés surt de la ciutat amb el cotxe del conseller Pi i Sunyer. El matrimoni Janés torna a Espanya per Sant Sebastià, i, segons el testimoni de la seva vídua i de la germana gran, Montserrat, Janés fou empresonat, sotmès a un consell de guerra i condemnat a mort. Fou aleshores que el falangista Luys Santamarina tingué ocasió de tornar a Janés el favor que aquest li feu quan, entre finals de 1936 i inicis de 1937, va ser condemnat a mort per les seves activitats clandestines a Catalunya.